Інститут був створений 21 жовтня 1896 р. "Київським Товариством боротьби з заразними хворобами" з метою боротьби з найактуальнішими для того часу хворобами – дифтерією та сказом.

Перша назва - Київський Бактеріологічний інститут. Першим директором був професор-педіатр В.Є.Чернов.

Головними напрямками діяльності інституту були: розробка нових засобів лікування та профілактики; наукова розробка найболючіших питань інфекційної патології; виготовлення сироваток і вакцин; підготовка лікарів-мікробіологів.

За перший десяток років існування інституту було налагоджено випуск цілої низки профілактичних препаратів: протидифтерійної, протименінгококової, протистрептококової, протиправцевої сироваток: вакцин - проти віспи, холери, черевного тифу, сибірки, пастеровської вакцини проти сказу. Удосконалювались техніка та якість бактерійних препаратів.

В інституті працювала плеяда відомих у світі талановитих вчених це: професори, академіки О.Д.Павловський, В.К.Високович, В.В.Підвисоцький, В.П.Образцов, Ф.О.Леш, В.К.Ліндеман, О.А.Кронтовський, М.П.Нещадименко та багато інших, які в той час зробили великий внесок у розвиток цілого ряду розділів медичнох науки. Серед них найбільш відомі такі: інфекціоніст Ф.О.Леш відкрив дизентерійну амебу, мікробіолог В.К.Високович, працями якого про захисні реакції організму проти мікробів було закладено вчення про гуморальний імунітет, В.В.Подвисоцький, автор підручника "Основи загальної та експериментальної патології", де вперше був самостійний розділ з бактеріології; професор мікробіолог-патолог О.А.Кронтовський, що здійснив "вирощування клітин поза організмом", що ввійшов до його монографії "Метод тканевих культур", метод став неоціненим вкладом у подальший розвиток патології та вірусології.

З ім`ям вченого-мікробіолога професора М.П.Нещадименко пов`язаний науковий прогрес з багатьох розділів теоретичної та практичної мікробіології; епідеміології, розвитку морфологічних та фізіологічних досліджень, розробки методів дезинфекції, обгрунтування специфічної профілактики дифтерії, туберкульозу, стрептококових та кишкових інфекцій. З позицій стрептококової етіології скарлатини вивчались біологічні властивості стрептококів.Ці дослідження були систематизовані в монографіях: М.П.Нещадименка "Стрептокок" та М.П.Нещадименка і С.С.Дяченка "Цереброспінальний менінгіт".

Успішно боролись з малярією працівники протозийного відділу професори І.А.Свенсон та Б.І.Клейн видали монографію "Малярія". Наприкінці 30-х років Інститут став великим науково-виробничим центром із 250 працівниками. Провідними науковцями були: В.Г.Дроботько, Б.І.Клейн, М.П.Нещадименко, В.Г.Яцемірська-Кронтовська, С.С.Дяченко, С.Н.Ручковський та інші.

Праця науковців Інституту була гармонійним поєднанням теоретичних досліджень з потребами протиепідемічної практики, виконувались завдання по збереженню здоров`я населення, які ставило перед ними життя. Війна з фашистами зруйнувала всі творчі плани та задуми вчених. У період окупації інститут практично не працював, не евакуйовувався.

В 1943 р. інститут відновив свою діяльність. Директор інституту - доцент С.М.Терехов багато знань, енергії, досвіду вклав у відновлення діяльності інституту. Зросла матеріально- технічна база, було збудовано новий лабораторний корпус, що сприяло проведенню наукових досліджень на сучасному рівні та випуску високоякісних медичних препаратів, що сприяло забезпеченню бакпрепаратами не тільки нашої країни, але й експорту їх за кордон - у країни Європи, Близького Сходу, в Індію.

Теоретичні та практичні розробки вчених інституту заклали підвалини розвитку важливих проблем епідеміології, мікробіології, імунології, вірусології та крайової інфекційної патології. В цей час професором М.П.Мазуренко відкрито вірус гемоцитобластозу мишей, що стало додатковим підтвердженням вірусної етіології лейкозів, результати цієї праці узагальнені в монографії "Роль вірусів в етіології лейкозів".

В Інституті проводились грунтовні дослідження, присвячені проблемам грипу, гострих респіраторних інфекцій, поліомієліту, вірусного гепатиту, енцефаліту, ентеровірусним інфекціям, цілої низки зоонозних інфекцій.

Майже 25 років наукове керівництво інститутом очолював видатний вчений академік, заслужений діяч науки і техніки України Лев Васильович Громашевський. Йому належить створення фундаментальної епідеміології, де були вперше обґрунтовані закономірності епідемічного процесу, сформульовані у шести законах, які й до цих пір є неперевершеним осмисленням цього соціально-біологічного явища. Л.В.Громашевський створив вчення про механізми передачі інфекції, епідеміологічну класифікацію інфекційних хвороб, визначив поняття ліквідації інфекцій, науково обґрунтував її здійснення. Він створив та був главою великої школи епідеміологів. Наукові теорії Лева Васильовича визнані в усьому світі, а підручники "Общая эпидемиология", який видано на багатьох мовах та "Частная эпидемиология" користуються попитом і донині. Після його кончини вишли у світ "Праці Л.В.Громашевського". Вчення про епідемічний процес творчо розвивається його учнями та послідовниками.

З 1973 по 1983 рік директором інституту був заслужений діяч науки і техніки, професор М.Н.Мельник. За цей період Інститут розширився: організовано дві нових лабораторії, збудовано нове приміщення для віварію, покращилась підготовка наукових кадрів вищої кваліфікації.

В 1978 р. виробнича база відокремилась від інституту і почала існувати самостійно, Це було невдале рішення як для Інституту, так і для виробництва. Перестали випускати багато імунологічних препаратів: сироваток, вакцин, діагностикумів. Україна лишилась цих важливих препаратів і тепер більшість з них купує закордоном, витрачаючи на них значні кошти.

У 1981 р. Інститут об`єднано з Київським інститутом інфекційних хвороб, який був заснований Л.В.Громашевським у 1949 р., в якому працювали відомі вчені-інфекціоністи О.М.Зюков, Б.Я.Падалка, Г.І.Хоменко, М.К.Даль, М.І.Морозкін, І.Л.Богданов, Н.О.Максимович, М.А.Ващенко, Б.Л.Угрюмов, В.М.Плетнев, Є.К.Тринус. Інститут став Центром боротьби з інфекційною патологією в країні; займався розробкою нових методів лікування, діагностики та профілактики інфекційних хвороб, такими як: грип та ГРІ, пневмонія, кишкові інфекції, скарлатина, правець, вірусні гепатити, менінгоенцефаліти, СНІД.

З 1981 по 1992 роки директором інституту був член-кор. АН, АМН України і Росії, засл. діяч науки і техніки, професор А.Ф.Фролов, автор цілого напрямку в вірусології: стосовно ролі інфекційних вірусів у канцерогенезі, досліджень пріонової інфекції, значення явища персистенції у патогенезі інфекційних хвороб. В ці роки фахівці інституту брали активну участь у ліквідації наслідків аварії на ЧАЕС, надавали медичну допомогу потерпілому від неї населенню в зонні радіаційного забруднення.

З 1992 по 1997 роки інститут очолювала засл. діяч науки і техніки, професор А.М.Щербінська, наукові праці якої охоплювали проблеми молекулярно-біологічних механізмів грипозної інфекції, особливостей епідеміології та клініки ВІЛ-інфекції/СНІДу в Україні та інші.

З 1997 по 2006 рік інститутом керувала доктор медичних наук, професор О.П.Сельнікова. Напрямки її діяльності торкались проблем назокаміальних інфекцій та досліджень механізмів резистенції умовно-патогених мікроорганізмів до антибіотиків, контролю якості імунобіологічних препаратів.

З листопада 2006 року інститут очолює доктор медичних.наук В.Ф.Марієвський. Напрямки його наукової діяльності охоплюють фундаментальні та прикладні дослідження з проблем вірусних гепатитів, внутрішньолікарняних інфекцій, ВІЛ-інфекції/СНІДу та дезінфекції.

Державна установа ”Інститут епідеміології та інфекційних хвороб ім. Л.В.Громашевського АМН України” - головний в Україні заклад з проблем епідеміології, мікробіології, вірусології, паразитології та інфекційних хвороб з висококваліфікованими фахівцями, експериментальною та клінічною базою.

Як головний з наукових проблем, що розробляються в інституті, координує діяльність профільних інститутів в Україні.

За останні роки провідними науковцями інституту: А.М.Зарицьким, А.Ф.Фроловим, Л.М.Чудною, В.Ф.Марієвським, А.Л.Гуралем, В.В.Алексєєнко, В.І.Бондаренко, О.П.Сельніковою, В.І.Задорожною, О.І.Поліщук, А.Д.Вовк, А.О.Руденко, С.Л.Рибалко, В.Б.Шевчуком,С.В.Федорченко, В.В.Кононенко, В.І.Матяшем, А.М.Щербінською, Є.О.Шабловською, на основі теоретичних розробок створено "Концепцію ролі біологічних властивостей збудників в епідемічному процесі”, „ Концепцію боротьби з інфекційними хворобами в Україні", "Закон про інфекційні хвороби людей", "Закон про санітарно-епідеміологічне благополуччя України", "Національну програму профілактики СНІДу в Україні", які забезпечують правову основу протиепідемічних заходів і визначають стратегію й тактику боротьби з інфекційними хворобами.

В 90-ті роки - роки незалежності України інститут став головною організацією з проблем інфекційної патології людини. Науковці інституту вирішують найболючіші та актуальні питання з епідеміології, профілактики, діагностики та лікування інфекційних хвороб. В інституті розробляються основи боротьби з інфекційними хворобами.

На базі інституту працюють науково-методичні Центри грипу та ГРІ, Київський науково-методичний Центр з внутрішньолікарняних інфекцій.

Працюють: Вчена рада та дві спеціалізовані Ради - із захисту докторських дисертацій за спеціальностей "епідеміологія, мікробіологія, вірусологія" та "інфекційні хвороби".

Видатними вченими засновані наукові школи:

• академіком Л.В.Громашевським - епідеміологічна школа;
• професором Є.П.Бернасовською - школа мікробіологів;
• професором Л.М.Чудною - школа з вивчення колективного імунітету до інфекційних хвороб, керованих засобами специфічної профілактики;
• професором Л.Л.Громашевською - наукова школа з лабораторної діагностики.